虽然与实验室使用的众多的分析仪器相比，自动进样瓶看似无关紧要的，但进样瓶或盖、垫的错误使用却会给实验带来重大影响，导致实验效率和重复性的降低。错误使用
样品瓶/盖/隔垫可能导致的潜在问题包括：
•挥发导致的分析物损失
•溶剂与隔垫作用产生的色谱杂峰
•自动进样器的机械损坏
•样品降解
•进样重复性差等
样品瓶的材质：
大部分的瓶均是由玻璃制成，讲到这个材质的时候首先要讲一下线性膨胀系数，指温度每改变一度，玻璃长度的改变。简而言之，就是玻璃对剧烈温度变化的承受能力。线性膨胀系数越低，玻璃可承受的温度变化就越大。
实验室玻璃的分类是USP（美国药典）根据其耐水性制定的。
USPType1,*,33硼硅酸盐玻璃是化学性质惰性的玻璃，广泛应用于实验室，尤其是色谱分析应用。I级玻璃主要由硅和氧组成，含有微量的硼和钠。其溶出性低，线性膨胀系数为33。
USPType1,B级,51硼硅酸盐玻璃主要由硅和氧组成，含有微量的硼、钠和比*玻璃含量多的碱金属，但仍可满足实验室用途。所有的棕色玻璃都是B级玻璃，其线性膨胀系数为51。
硅烷化或去活玻璃是经过对玻璃表面进行有机硅烷化的去活处理的硼硅酸盐玻璃，其玻璃表面具有很强的疏水性和惰性，适用于对pH敏感的化合物、痕量分析和长期样品储存。
USPTypesII,III和NP钠钙玻璃，化学耐受性不如硼硅酸盐玻璃。
除了玻璃材质以外，还有一些其它材质：
聚丙烯（Polypropylene，PP）是一种坚硬的材料，可加工成多种颜色并有良好的化学耐受性，适于大部分实验室化学物质的短期储存。当使用芳香烃或卤代烃时其耐受性随时间减弱。由于离子含量低并可用稀酸和去离子水清洗，PP瓶常用于离子色谱。由于密封后可被直接焚烧处理，所以PP瓶也减小了有害物质的暴露。
聚甲基戊烯(Polymethylpentene，TPX)是一种坚硬、透明的材料，熔点较高，使用范围0°-170°C.由于透明度高，TPX瓶可替代不透明的PP。其化学耐受性与PP类似，TPX瓶通常用于需要目测样品或高温使用的情况下。TPX瓶在室温下较脆。
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